Большинство аэробных микроорганизмов окисляет органические пита­тельные вещества в процессе дыхания до С0₂ и воды. Поскольку в мо­лекуле СО ₂ достигается высшая степень окисления углерода, в этом случае говорят о полном окислении и отличают этот тип дыхания от не­полных окислений, при которых в качестве продуктов обмена выделяют­ся частично окисленные органические соединения.

Под «полным окислением» имеется в виду лишь то, что не происходит вы­деления каких-либо органических веществ; но это вовсе не означает, что окис­ляется весь поглощенный субстрат. В каждом случае значительная часть суб­страта (40-70%) ассимилируется, т.е. превращается в вещества клеток.

Конечными продуктами «неполных окислений» могут быть уксусная, глюконовая, фумаровая, лимонная, молочная кислоты и ряд других со­единений. Поскольку эти продукты сходны с теми, которые образуются при брожениях (пропионовая, масляная, янтарная, молочная кислоты и др.), а также в связи с тем, что при промышленных процессах броже­ния необходимы специальные технические устройства (ферментеры), не­полные окисления называют также «окислительным брожением» или «аэробной ферментацией». Слова «брожение» и «ферментация» в этом случае отражают скорее технологический аспект.

Мы будем причислять к «неполным окислениям» также простое от­щепление водорода от субстрата и использование микроорганизмов для катализа некоторых реакций, не имеющих для них какого-либо значе­ния в обычных условиях. Ниже будут рассмотрены некоторые примеры таких окислений.